Детектив Конан: Алое алиби

История вращается вокруг девушки по имени Ноль Два — но это не просто имя, а особый идентификатор, который носят и другие люди из её окружения. В начале повествования героиня страдает от провалов в памяти, возникших по неизвестной причине. Она смутно помнит лишь своё заточение, а всё, что было до тюрьмы, стёрто из её сознания. Лишь изредка в её мыслях мелькают обрывочные образы женщины, заменившей ей мать. Эта женщина сыграла ключевую роль в формировании личности Ноль Два.

Однажды в памяти героини всплывает момент, когда её «мама» принесла книгу с иллюстрациями. Сама история её не зацепила, но картинки оставили след. Позже выясняется, что несколько лет назад над Ноль Два проводили странные эксперименты в месте под названием «Сад» — секретной лаборатории, где ставили необычные опыты. Там она встретила мальчика по имени Хиро, носившего номер Ноль Шестнадцать. Вместе они попытались сбежать, но были пойманы почти сразу. В последний момент Хиро пообещал жениться на ней, но их воспоминания стёрли, и они забыли друг друга.

Однако спустя время Ноль Два начинает вспоминать того, к кому испытывала чувства, и решает во что бы то ни стало его найти. Её прошлое, загадочные эксперименты и потерянная связь с Хиро становятся движущей силой сюжета, заставляя героиню искать ответы на вопросы, скрытые в глубинах её памяти.